PX4 Pixhawk Liteの故障の原因が分かりました。
搭載しているマイクロＳＤメモリをフォーマットすることで正常に動作するようになりました。

ミッションプランナーで認識され、スイッチでのＯＮ・ＯＦＦも可能になりました。
メモリが原因というブログ書き込みもあったので、マイクロＳＤメモリを取り外してのテストはしていましたが動作しませんでした。
今回メモリの内容をパソコンで直接読み込もうとしましたが、データが壊れているのでフォーマットするようにメッセージが出たので、フォーマット後にPX4 Pixhawk Liteに挿入すると正常に動作するようになりました。
データログを自動的にメモリに書きこむので、時々メモリのデータをフォーマットして消去したした方が良さそうです。