NAZE32フライトコントローラーの設定ソフトCleanflightがこちらの意図に関係なく勝手にアップデートするソフトのようで、また設定で振り回されました。
いつの間にかソフトでのバックアップができなくなっており、CLIを使えばできそうですが設定ソフトとしては退化したとしか思えません。

今回Grasshopper 160のNAZE32フライトコントローラーの調整をする際に少し前には設定できたバッテリーのワーニング電圧がファームウェアをバージョンアップしないとできなくなっていました。
仕方がないのでファームウェアをバージョンアップすることにしましたが組み立てた状態でNAZE32基盤のBoot端子をショートするのは困難なのでHercules SETUP utilityを使用したファームウェアバージョンアップを行いました。

Hercules SETUP utilityを使用したファームウェアバージョンアップの方法はネット上に日本語の解説があるので参考にしました。
手順は
1.設定ソフト hercules_3-2-8.exe をダウンロードします。
ソフトはインストールの必要はなくそのまま実行して使用します。

ソフトを起動すると上の画面が出るのでCloseをクリックします。

2.事前にNAZE32をUSBでCleanflightに接続してCOMポートを控えておき接続を切ります。USBの接続はそのままにしておきます。

Serialタブをクリックして右上のNameに事前に控えたCOMポートを選択します。
その下のボーレートを115200にして以下は上の図のようになっていればOKです。
Sendに半角大文字でRを記入して右下のOpenをクリックします。

3.クリックすると以下の画面になります。Serial Port COM# openedと表示されればNAZE32に接続されています。

この状態でSendボタンをクリックしてR命令をNAZE32に送信します。

4.クリック後にNAZE32基板のグリーンに点滅しているLEDが赤黄に点灯したままになっていればブートモードに入っています。点灯を確認したら上の図の右下Closeボタンをクリックします。

CloseボタンをクリックするとSerial Port COM# Closedと表示されてHercules SETUP utilityとの接続は切断されます。これでこのソフトは終了してもかまいません。(切断しないとCleanflightとの接続が出来ません)

5.Cleanflightを起動してFirmware Flasherタブをクリックして左上でNAZE32の最新ファームウェアを選択して右下のLoad Firmware[Online]ボタンをクリックします。

しばらく待ってFlash Firmwareボタンがグリーンに変わったらクリックします。

6.ファームウエアのアップデートが始まり下のバーが次第にグリーンに変わってProguraminng:SUCCESSFULLと表示されたらアップデート終了です。

ここで一旦USBプラグを外して電源を切り、再度接続してアップデートを確認します。CONNECTすると上部右にバージョンが表示されています。

NAZE32のV.1.14.1へバージョンアップ後にコンパスが認識されないことと、PIDコントローラーがLuxFloatしか使用できず、MultiWiiだと起動できない不具合がありV.1.14.1を結局元のV.1.13.0に戻しました。
同時にV.1.14.1へバージョンアップしたBLADE180のF3フライトコントローラーは特に問題なくPIDコントローラーもMultiWiiが使用できました。

バックアップ機能が無くなったのでNAZE32は何度も手作業で設定をすることになり、勝手にバージョンアップするCleanflightに嫌気がさしています。